بدأ قسم العمليات بالعمل كأحد أهم اقسام المستشفى منذ أول يوم لافتتاح هذا المستشفى وذلك بغرف عمليات عددها 4 ، ونظراً لتزايد عدد العمليات النوعية والعددية بكل انواعها ومواكبةً لتطور الاجهزة الطبية العالمية والتزاماً من المستشفى التخصصي بمسيرة الجودة والتميز ونظراً لاهمية قسم العمليات في هذا المجال فقد قامت إدارة المستشفى بافتتاح قسم العمليات الجديد والذي يحتوي على احدث ما توصلت اليه تكنولوجيا التصميم والتنفيذ والتجهيز وذلك على النحو التالي

• تصميم الهيكل من الستيل وليس بناءً ، مع الاخذ بعين الاعتبار ، عدد مميز من الغرف وصل الى عشرة غرف جميعها على نفس المستوى
• عدم وجود زوايا حادة في الغرف لضمان تدوير وتنقية الهواء
• استعمال تقنية ultra clean Air والذي يقوم بتنقية الهواء 26 مرة كل ساعة باستعمال نظام Laminar flow  من خلال HEPPA واحدث نظام في مرور الهواء
• نظام طلاء الجدران بألوان مختلفة وهو مضاد وقاتل للبكتيريا والفيروسات والطفيليات ، مما يضمن عدم تكاثر الميكروبات داخل غرف العمليات
• نظام الابواب الاتوماتيكي والذي يعمل بدون لمس
• نظام الارضيات الخاص المانع للكهرباء الساكنة
• نظام انارة العمليات والذي يعتبر الاول من نوعه وهو احدث ما توصل اليه علم الانارة الجراحية وبدون حرارة او ظل والذي يعتمد على LED technology
• نظام الطاولات الجراحية الحديث وهي ايضا من احدث الموديلات والتي تلبي جميع الاوضاع ومتطلبات العمليات الجراحية
• وجود اجهزة تخدير لكل غرفة حديثة جداً وكادر مدرب ومؤهل على هذه الاجهزة 
• وجود غرفة خاصة للأطفال عند قسم الانعاش
• وجود صيدلية داخل قسم العمليات لتسهيل صرف الادوية والمستلزمات الطبية بسرعة متناهية

تقسم غرف العمليات الى :

• غرف عمليات الجراحة التنظيرية :تم تجهيز الغرفة بتكنولوجيا متقدمة جداً تحتوي نظام التصوير من خلال ثلاثة كاميرات رقمية وكذلك ارشفة جميع المعلومات عن العملية الجراحية من خلال انظمة حاسوبية متقدمة ذات سعة عالية ويمكن من خلال هذه الغرفة الاتصال ونقل المعلومات لاي مكان بالعالم وذلك من خلال تقنية Tele Media ، كما ويستطيع الجراح التحكم بأغلب الادوات والتجهيزات داخل هذه الغرفة من خلال الصوت Voice activation  بالاضافة لاحدث العدد الجراحية للتنظير ، وتعتبر هذه التجهيزات نقلة نوعية متقدمة في علم الجراحة التنظيرية في الاردن والمنطقة .
• غرفة عمليات القلب المفتوح :تم تحديث هذه الغرفة بجهاز قلب ورئة صناعية على احدث المستويات وتوفير كادر تمريضي مميز لمثل هذه العمليات الجراحية المتطورة
• غرفة جراحة الاسنان : تحتوي على نفس مواصفات الغرف الاخرى بالاضافة الى احدث كرسي اسنان من شركة serona الالمانية مع توفر كادر تمريضي متميز لمثل هذه العمليات
• غرفة عمليات العظام والمفاصل:تم تجهيز هذه الغرفة بأحدث الاجهزة العالمية المتطورة والمعدات الجراحية المتنوعة وتنظير المفاصل
• غرفة عمليات لجراحة الدماغ  والاعصاب: تم تجهيز هذه الغرفة بأحدث ما توصل اليه العلم الحديث من عدد جراحية دقيقة وتوفير ميكروسكوب حديث ومتطور
• غرفة عمليات جراحة العيون :  تم تجهيز هذه الغرفة بأحدث المعدات الجراحية الدقيقة والاجهزة الطبية المتطورة بأعلى المستويات وتوفير الميكروسكوب الخاص لجراحة عمليات العيون وعدد جراحية خاصة لمثل هذه العمليات الدقيقة والمعقدة
• تخصيص غرفتين لزراعة الكلى بأعلى المستويات العالمية
• تخصيص غرفة لجراحة المسالك البولية
• غرفة لجراحة التجميل بأعلى مستوى من التحديثات والتجهيزات الطبية